Перед тем, как запустить программу Perl находит скрипт:
- если указан ключ "-е", то в строке команд;
- если указан файл в строке команд, то для запуска скрипта автоматически можно указать #!/usr/bin/perl;
-если не указаны файл или аргументы, которые содержат имя файла, то имя файла в строке команд будет обозначено "-" с целью передачи аргументов файла скрипту из стандартного потока.

Perl начинает сканирование с первой строки при отсутствии указания ключа "-x", иначе началом программы считается строка с начальным символьным значением"#!", содержащая слово "perl". В этой же строке указываются ключи.
Конец программы выводится строкой "__END__".
Пример: "#!/bin/perl -d".
Как только обнаружен скрипт, программа компилирует его во внутренне представление полностью. Выполнение программы прекращается при обнаружения ошибки.
Завершить программу можно путем введения команд exit() или die(), или exit(0) по умолчанию.

Далее представлены ключи и их функции:
1 -a
Запускается режим автоматического разделения переменной $_ в массив $F. Этот ключ можно также использовать с ключами -n и -p.
2. -c
Скрипт проходит синтаксическую проверку. Выход исполняется без запуска.

3. -d
Интерактивная отладка программы.

4. -D
Число или список. Устанавливает флажки отладки. Пример: -d14 (проверка исполнения программы).

5. -e
Выполняется скрипт из одной строки.

6. -F
Указывает шаблон для разделения в режиме работы с ключом -a

7. -i
Расширение. Необходим для создания резервной копии файла. Оригинал хранится с указанным расширением. Файл обрабатывается с помощью оператора "<>"
Пример: perl -p -i.old -e "s/рядовой/ ефрейтор /" file(в копии file меняются слова "рядовой" на "ефрейтор". Оригиналу соответствует расширение .old)

8. -I
Директория includ- файлов применяется с -P по умолчанию
Пример: /usr/include и /usr/lib/perl.

9. -l
Обрабатывает символы в конце строки.
- последний символ строк для режимов -n и -p не учитывается;
-присваивается значение переменной $\ и добавляется к концу каждой строки, которая выводится оператором print.

10. -n
Зацикливает скрипт. A файлы, указанные в строке команд обрабатываются последовательно. Позволяет создавать команды подобные sed или awk. С помощью ключа -n можно вводить команды sed и awk.

11. -p
Выводит обрабатываемые строки файлов. Обладает функциями ключа -n

12. -P
Выполняет обработку препроцессором языка С.

13. -O
Разделитель записей. По умолчанию выводится \0.

14. -s
Запускает обработку ключей строки команд. Переменным с символом "-" присваивается значение true.

15. -S
Использует PATH для обнаружения скрипта. Применяется в системах, не определяющих последовательность "#!" для указания интерпретатора.

16. -T
Обуславливает проверку неисправностей в защите, чаще для CGI скриптов.

17. -u
Имеет функцию обязательного дампа памяти после того, как скрипт скомпилирован. Его можно использовать для создания исполняемого файла с помощью программы undump.

18. -U
Позволение на выполнение опасных операциий. (стирание директории).

19. -v
Вывести номер версии Perl.

20. -w
Вывести переменные, скаляры, переопределяемые подпрограммы, ссылки на неизвестные указатели файлов. Ввести записи в файлы для "чтения". Использовать некорректные записи чисел. Использовать массивы как скаляров, рекурсировать более ста уровней.

21. -x
Директория. Запускается скрипт, вставленный в файл. При этом файл содержит обычный текст. При необходимости читать последующие строки используем указатель файла DATA.